Vienas Atgajos išskirtinumų – šeimų modelis: vietoje grupių ar būrių stovykloje pasiskirstome į šeimas. Vieną šeimą sudaro apie 20 skirtingo amžiaus vaikų ir 2–4 vadovai – stovyklos „tėčiai“ ir „mamos“. Šeimos žaidimas padeda sukurti ypač artimus, šiltus, rūpesčio ir dėmesio pilnus tarpusavio santykius. Mišrus vaikų amžius šeimose kuria ypatingą dinamiką: jaunesnieji vaikai truputį „pasitempia“, mokosi iš vyresniųjų, vyresnieji jaučia atsakomybę, rūpinasi jaunesniais „broliais“ ir „sesėmis“. Dažnai vaikai kalba apie tai, kad stovykla išmokė kitaip pamatyti kitas amžiaus grupes: suprasti, kad su „mažiukais“ gali būti įdomu, ar kad paaugliai nėra tokie „pasikėlę“, kaip galima pagalvoti iš pirmojo žvilgsnio. Viena svarbiausių stovyklos tradicijų – kasdienis šeimos vakaras. Prieš miegą, po dienos programos, šeima susėda ratu ir kiekvienas jos narys dalinasi tuo, kas jam šiandien buvo svarbiausia: jausmais, mintimis, pastebėjimais.
Vienu metu stovykloje paprastai būna 4–5 šeimos. Didelė dalis programos vyksta šeimomis, tačiau bendraujama, susipažįstama ir su kitais stovyklos dalyviais: skirtingose veiklose vaikai gali būti dalinami pagal interesus, amžių ar kitus kriterijus.
Į stovyklą atvykstantys broliai ir seserys, jei anketose nenurodo kitaip, skiriami į vieną šeimą. Vaikai į šeimas skirstomi išlaikant proporcingą pasiskirstymą pagal lytį ir amžių.
